Il Museo vanta una ricca biblioteca specializzata nella storia, nell'arte e nell'archeologia di Crema e del territorio Cremasco. I circa 10.000 volumi della biblioteca comprendono anche due importanti fondi, il fondo Chiappa e il fondo Sala, costituiti in buona parte da libri e pubblicazioni.
IL FONDO UGO CHIAPPA - Il lascito testamentario del dr. Ugo Chiappa risale al 14 luglio del 1966 ma l'ultimo blocco della donazione è pervenuto al Museo solo nel 1974. Parte del fondo è conservata in Museo ed è costituita da reperti archeologici, materiale storico ed etnografico e documenti dell’archivio della famiglia Chiappa, databili tra la seconda metà del XVIII e i primi decenni del XIX secolo e relativi all’attività di speziali esercitata dalla famiglia fin dal XVII secolo. Parte del fondo è costituita da materiale librario (XVIII – inizi XX secolo).
IL FONDO ALBERICO SALA - Alberico Sala nasce a Vailate, paese della Gera D’Adda, nel 1923. Studia a Venezia e a Milano. Poeta, narratore, giornalista, critico cinematografico, autorevole critico d’arte e letterario. Giornalista fin dal 1945, dopo una parentesi bergamasca e un’altra romana, passa a Milano e a vent'anni è il più giovane redattore capo della stampa italiana.
Fonda il premio letterario S. Pellegrino di poesia e nel 1946 la rivista internazionale di letteratura "Misura". Nel 1957 pubblica il suo primo libro di poesie Epigrafi e canti. Come scrittore ottiene prestigiosi premi e menzioni speciali. Muore a Vailate nel 1991. Il fondo donato da Alberico Sala al Museo è costituito prevalentemente da materiale librario, relativo alla storia dell'arte, ma sono presenti anche documenti personali (corrispondenza con personaggi del cinema, della letteratura e dell'arte), ritagli di giornale e altra documentazione.